Trang chủ
Một scaffold là một phần của genome sequence được tái tạo từ các clones trong kỹ thuật shotgun trên toàn bộ genome tính từ đầu đến cuối dây DNA. Scaffolds bao gồm tất cả những contigs và những đoạn hở (gaps). Gaps xảy ra trong quá trình đọc trình tự của máy từ hai đầu trình tự (two sequenced ends) của ít nhất một lần trùng lập (overlap) với các kết quả đọc khác giữa hai contigs khác nhau.
Thứ tự and định hướng sắp xếp của tất cả 91 scaffolds đã được giải trình tự trong 12 phân tử giả (pseudomolecules). Xét theo kết quả trước đây trên cà chua (Solanum lycopersicum, 2n = 2x = 24), thì trình tự genome này đã được xác định vị trí trên cơ sở chỉ thị phân tử (marker order) trong một bản đồ phân giải cao (high-density linkage map).
Ở đây, các tác giả ghi nhận sự sắp xếp như vậy của những scaffolds đã được xác định bởi hai phương pháp vật lý độc lập nhau, đó là kỹ thuật BAC-FISH, được viết tắt từ thuật ngự khoa học bacterial artificial chromosome–fluorescence in situ hybridization và kỹ thuật OP viết tắt từ thuật ngữ optical mapping. Nhờ vị trí của những dòng BACs tại đầu những scaffolds người ta có thể kéo dài các phức có tính chất synaptonemal trong cà chua (nhiễm sắc thể ở giai đoạn pachytene).
Họ đã chứng minh rằng 45 scaffolds, đại diện cho một phần ba genome cà chua, đã được sắp xếp lại khác với bản đồ linkage trước đây. Những scaffolds này xảy ra hầu hết trong đoạn nhiễm sắc thể có tính chất pericentric heterochromatin, ở đó, 77% genome cà chua định vị. Ở đó, bản đồ liên kết gen (linkage map) ít chính xác nhất do tần suất quấn chéo bị suy giảm.
Mặc dù rất hữu dụng đối với một phần nào đó của genome, kỹ thuật “optical mapping” cho kết quả khá toàn diện so với sự sắp xếp scaffold của FISH, nhưng thường không đồng thuận với sắp xếp scaffold trên cơ sở bản đồ liên kết. Sự sắp xếp scaffold như vậy căn cứ trên kỹ thuật FISH và OP làm thay đổi các vị tyri1 của hàng trăm markers trong bản đồ liên kết, đặc biệt là trên nhiễm sắc thể heterochromatin (dị nhiễm).
Xem thêm http://www.g3journal.org/content/4/8/1395.abstract?etoc
Hình: Thí dụ về định vị cùng một lúc do FISH với bốn dòng BACs để làm rõ ranh giới của hai scaffolds và đoạn hở giữa hai scaffolds trên SC 3. Vì số scaffold căn cứ trên bản đồ liên kết, hai scaffolds liền kề nhau được đánh số 1 và 4,trong khi scaffolds 2 và 3 được định vị bằng FISH sẽ có vị trí trên nhánh dài của nhiễm sắc thể 3.