Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Tam Giang – Cầu Hai được chính thức thành lập vào ngày 5/6/2020, với tổng diện tích 2.071,5 ha, bao gồm hai phân vùng chính: Ô Lâu và Cồn Tè – Rú Chá, cùng với 23 khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản. Khu vực này nổi tiếng với hệ sinh thái đầm phá phong phú, kéo dài 68 km dọc bờ biển tỉnh Thừa Thiên Huế, thuộc địa phận của 5 huyện: Phong Điền, Quảng Điền, Phú Vang, Phú Lộc và thị xã Hương Trà. Sau khi được thành lập, KBT đã đạt được những tiến bộ đáng kể trong công tác bảo tồn và phát triển bền vững. Khu vực này nổi tiếng với hệ sinh thái đầm phá phong phú, kéo dài 68 km dọc bờ biển tỉnh Thừa Thiên Huế, thuộc địa phận của 5 huyện: Phong Điền, Quảng Điền, Phú Vang, Phú Lộc và thị xã Hương Trà.
KBT có 1.296 loài trong đó có 41 loài quý hiếm, gồm 295 loài thực vật phù du, 50 loài thực vật bậc cao, 73 loài rong và thực vật thủy sinh (bao gồm 7 loài cỏ biển), 119 loài động vật phù du, 215 loài động vật đáy, 361 loài cá và 137 loài chim. Trong đó, có 4 loài động vật nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ bao gồm Rắn hổ chúa (Ophiophagus hannah); Rùa đầu to (Platysternon megacephalum), Vích (Chelonia mydas), Cổ rắn (Điêng điểng) (Anhinga melanogaster).
Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đã đạt được, KBT cũng đối mặt với nhiều thách thức, do đó còn những hạn chế, tồn tại. Năm 2020, Ban quản lý tổng hợp vùng bờ tỉnh Thừa Thiên Huế được UBND tỉnh giao chịu trách nhiệm điều phối quản lý Khu bảo tồn. Năm 2022, Ban Chỉ đạo thực hiện Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045 trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế (Ban chỉ đạo) được thành lập và thay thế Ban điều phối tổng hợp vùng bờ tỉnh Thừa Thiên Huế. Tuy nhiên, trong các quyết định thành lập và kiện toàn Ban chỉ đạo đều không có nhiệm vụ quản lý Khu bảo tồn. Do vậy, hiện nay Khu bảo tồn chưa có tổ chức quản lý thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 28, Luật Đa dạng sinh học.
Ngoài ra, KBT chưa ban hành quy chế, kế hoạch quản lý theo quy định tại khoản 4, Điều 17, điểm b khoản 3 Điều 18 Nghị định số 66/2019/NĐ-CP ngày 29/7/2019 về bảo tồn và sử dụng bền vững các vùng đất ngập nước (Nghị định số 66/2019/NĐ-CP); điểm a khoản 6 Điều 21 Nghị định 08/2022/NĐ-CP ngày 10/01/2022 của Chính phủ về quy định chi tiết một số điều của Luật Bảo vệ môi trường.
Mặt khác, việc bố trí kinh phí và nhân lực chuyên trách đảm bảo thực hiện các nhiệm vụ về bảo tồn thiên nhiên, đa dạng sinh học, đất ngập nước, các loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ; và cơ chế phối hợp liên ngành với các cơ quan có liên quan và chính quyền địa phương để thực hiện nhiệm vụ quản lý Khu bảo tồn chưa có kế hoạch thực hiện cụ thể. Bên cạnh đó, do diện tích phân khu phục hồi sinh thái lớn, nằm chủ yếu trên khu vực đất nông nghiệp, ranh giới phạm vi khu bảo tồn trải dài trên địa bàn của nhiều địa phương và không liền mảnh, dẫn đến khó khăn trong công tác quản lý.
Trong quá trình xây dựng Hồ sơ thành lập Khu bảo tồn (từ năm 2017 đến năm 2020) đã đánh giá và ghi nhận cơ sở dữ liệu về đa dạng sinh học vùng đầm phá Tam Giang – Cầu Hai. Đến nay, cơ sở dữ liệu về đa dạng sinh học của Khu bảo tồn chưa được cập nhật. KBT cũng chưa tiến hành xây dựng báo cáo hiện trạng đa dạng sinh học của Khu bảo tồn theo quy định tại Điều 33 Luật Đa dạng sinh học; và chưa thực hiện điều tra, quan trắc, đánh giá hiện trạng và lập danh sách các loài thuộc Danh mục loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ tại Khu bảo tồn theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 16 Nghị định số 160/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ về tiêu chí xác định loài và chế độ quản lý loài thuộc Danh mục loài nguy cấp, quý hiếm được ưu tiên bảo vệ (Nghị định số 160/2013/NĐ-CP); quan trắc vùng đất ngập nước theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 66/2019/NĐ-CP./.
NBCA