Mục tiêu và nhiệm vụ chính của KBT là quản lý, bảo vệ, đấu tranh ngăn chặn và xử lý các hành vi vi phạm vào Khu bảo tồn loài Sao la và sinh cảnh của chúng cũng như những giá trị đa dạng sinh học tại một trong những khu vực ưu tiên hàng đầu bảo tồn loài Sao la ở Việt Nam.